El tiempo de observación con Herschel se repartirá en varios bloques. Uno de ellos, equivalente al 32% del total, corresponde a los Programas Clave de Tiempo Garantizado (GTKPs). Los programas clave son grandes proyectos de investigación, de más de 200 horas de observación, que hacen uso de capacidades únicas de Herschel para abordar temas científicos importantes de manera completa, en base a realizar observaciones de manera uniforme y coherente a fin de producir bases de datos de alto valor para la comunidad científica, tanto en la actualidad como en el futuro, cuando nuevos instrumentos puedan complementarlos. Aquellos programas clave que forman parte del Tiempo Garantizado corresponden a los que se han planteado en el seno de los consorcios que han construido cada uno de los instrumentos y que son el retorno al que tienen derecho por la inversión realizada (tanto en fondos como en horas de trabajo) por su participación. El día 4 de abril de 2007 se presentaron 21 Programas Clave de Tiempo Garantizado para ser evaluados por un comité de expertos (entre los que se encuentra Rafael Bachiller, director del OAN) establecido por el Centro Científico de Herschel (HSC), que los aprobaron total o parcialmente. En la sección Programas Clave de esta página web puede encontrarse información detallada sobre los programas clave de tiempo garantizado finalmente aprobados.
Otra fracción importante del tiempo de observación, que puede llegar a ser de otro tercio del total, corresponderá a los Programas Clave de Tiempo Abierto (OTKPs), es decir aquellos que, satisfaciendo los mismos requisitos que los ya aprobados, son propuestos por equipos de científicos de todo el mundo, hayan o no participado en la construcción de los instrumentos. Se espera que se presenten decenas de propuestas que serán evaluadas siguiendo los procedimientos habituales de evaluación por un comité, asignándose tiempo de observación a las mejores. En la reunión científica sobre programas clave de tiempo abierto que tuvo lugar en la sede de la ESA en Noordwijk (Holanda) en febrero de 2007 se defendieron al menos 40 ideas para posibles propuestas. El día 28 de febrero de 2008 se hará pública la lista de propuestas de este tipo aprobadas.
El resto del tiempo de observación se dedicará principalmente a propuestas normales de tiempo abierto a toda la comunidad científica. Es decir, se tratará de propuestas de observaciones de duración corta o media que pretenden abordar estudios muy específicos. Habrá al menos dos convocatorias para presentar tales propuestas, la primera de las cuales tendrá lugar en 2008.